Senaatti-kiinteistöjen toimintaa ohjataan liikelaitoksista annetulla yleislailla ja laitoskohtaisella lailla. Eduskunta ja valtiovarainministeriö asettavat vuosittain liikelaitoksen keskeiset palvelu- ja muut tavoitteet.  Senaatti-kiinteistöt muodostaa liikelaitoskonsernin, johon liikelaitoksen lisäksi kuuluu 49 tytäryhtiötä.  Senaatti-kiinteistöt noudattaa toiminnassaan liiketaloudellisia periaatteita, mutta sillä on osakeyhtiöön nähden rajoitettu toimivalta. Senaatti-kiinteistöt on osa valtiokokonaisuutta ja sen hallintaan siirretty omaisuus pysyy edelleen valtion omaisuutena.

Hallitus
Senaatti-kiinteistöjen hallitus ohjaa ja valvoo liikelaitoksen toimintaa sekä tekee liikelaitosta koskevat merkittävät päätökset. Hallitus huolehtii liikelaitoksen hallinnosta ja toiminnan asianmukaisesta järjestämisestä sekä erityisesti siitä, että liikelaitos toimii eduskunnan ja muiden viranomaisten päätösten ja määräysten mukaisesti, sekä vastaa liikelaitoksen kirjanpidon ja varainhoidon valvonnasta.  Hallitus päättää osakkeenomistajalle kuuluvien oikeuksien käyttämisestä tytäryhtiöiden hallinnossa.  Valtioneuvosto nimeää hallituksen enintään kolmen vuoden määräajaksi.  Senaatti-kiinteistöjen hallitukseen kuuluu puheenjohtaja ja enintään kuusi muuta jäsentä, joista yksi edustaa liikelaitoksen henkilöstöä. 
Hallituksen jäsenet (linkki Organisaatio-osioon Hallitus-sivulle)

Toimitusjohtaja
Toimitusjohtaja johtaa ja kehittää liikelaitoksen toimintaa, huolehtii juoksevasta hallinnosta ja siitä, että kirjanpito on lainmukainen ja varainhoito luotettavalla tavalla järjestetty. Hän huolehtii hallituksen päätösten toimeenpanosta, noudattaa hallituksen määräyksiä sekä antaa hallitukselle tiedon merkittävistä toimenpiteistä ja tapahtumista. Toimitusjohtaja hoitaa lisäksi ne liikelaitoksen toimintavaltaan kuuluvat asiat, joita ei ole annettu hallituksen ratkaistavaksi. Toimitusjohtaja ei ole hallituksen jäsen. Uuden lain mukaan toimitusjohtaja on liikelaitoksen toimielin, jonka liikelaitoksen hallitus nimittää. Valtioneuvoston nimittämään toimitusjohtajan hallinnolliseen asemaan sovelletaan vanhaa liikelaitoslakia.  Senaatti-kiinteistöjen toimitusjohtajana on vuodesta 1999 toiminut Aulis Kohvakka.

Johtoryhmä
Senaatti-kiinteistöjen johtoryhmä on toimitusjohtajan päätöksentekoa tukeva elin, joka käsittelee  hallitukselle menevät asiat sekä liiketoiminnan kannalta merkittävät asiat. Johtoryhmän puheenjohtajan toimii toimitusjohtaja ja muina jäseninä toimialojen ja alueiden johtajat  sekä tukitoimintojen johtajat. 
Johtoryhmän jäsenet (linkki Organisaatio-osion Johto-sivulle)

Liiketoimintaorganisaatio
Senaatti-kiinteistöjen toiminnot on jaettu asiakaskunnan mukaisesti viiteen tulosvastuulliseen toimialaan: tutkimuslaitokset-toimiala, toimistot-toimiala, ministeriöt ja kulttuuri -toimiala, puolustus ja turvallisuus -toimiala sekä kehitys- ja aluekiinteistöt-toimiala. Toimialan tehtävänä on toimialalle kuuluvien asiakassuhteiden ylläpito ja kehittäminen sekä vastuullaan olevan kiinteistövarallisuuden tehokas ja tuottava käyttö.  Toimialan johtaja johtaa oman yksikkönsä toimintaa ja vastaa sille asetettujen tulostavoitteiden saavuttamisesta.  Senaatti-kiinteistöjen alueorganisaation vastuulla on operatiivinen toiminta. Toimialat ja alueet sopivat vuosittain keskinäisillä palvelusopimuksilla työnjaosta ja vastuista. Senaatti-kiinteistöjen alueorganisaatio muodostuu Etelä-Suomen, Keski-Suomen sekä Itä- ja Pohjois-Suomen alueista. 
Organisaatiokaavio (linkki Organisaatio-osion Organisaatiokaavio-sivulle)

Tilintarkastus
Valtiovarainministeriö asettaa vuosittain liikelaitoksen ja liikelaitoskonsernin hallintoa, taloutta ja tilejä tarkastamaan kaksi tilintarkastajaa. Toisen tulee olla JHTT-tilintarkastaja  ja toisen KHT –tilintarkastaja tai tarkastusyhtiö.  Tilintarkastajien tulee tarkastaa tilit hyvän tilintarkastustavan mukaisesti ottaen huomioon julkisyhteisön toimintaan liittyvien erityispiirteiden edellyttämät yleiset tarkastuskohteet ja niitä koskeva raportointivelvollisuus.  Liikelaitos ja liikelaitoskonserni ovat valtiontilintarkastajien ja valtiontalouden tarkastusviraston tarkastuksen alaisia.

Riskienhallinta
Senaatti-kiinteistöjen riskienhallintapolitiikan mukaan toimintaan liittyvät riskit kartoitetaan ja arvioidaan Senaatti-kiinteistöissä vuosittain osana strategiaprosessia. Riskien arviointi perustuu riskin toteutumisen todennäköisyyden ja vaikutuksen arviointiin sovittua asteikkoa käyttäen. Riskeistä laaditaan  riskikartat strategisella tasolla sekä toiminnoittain käyttäen yhteisesti sovittua riskiluokitusta. Senaatti-kiinteistöissä laaditaan kaikki organisaation toiminnot käsittävä riskienhallintasuunnitelma, jossa määritellään, miten Senaatti-kiinteistöt suojautuu tunnistettujen riskien varalta ja miten riskienhallintakeinoja toteutetaan. Lisäksi riskienhallinnalla on rooli Senaatti-kiinteistöjen toimialojen ja alueiden omissa strategioissa, suunnitelmissa ja käytännön toiminnassa.

Uuden liikelaitoslain myötä valtion liikelaitosten vakuutustoiminnot muuttuvat markkinaehtoisiksi ja edellyttävät julkisina hankintoina kilpailuttamista. Senaatti-kiinteistöt on laatinut vakuutuspolitiikan osana riskienhallintapolitiikkaansa. Vakuutuspolitiikan laatimisessa otetaan lähtökohtana huomioon valtion liikelaitosten riskienhallintapolitiikka sekä Senaatti-kiinteistöjen riskienhallintapolitiikka. Riskienhallinta- ja vakuutuspolitiikka tarkistetaan myöhemmin vahvistettavan valtion liikelaitosten riskienhallintapolitiikan mukaiseksi. Senaatti-kiinteistöjen kiinteistöt on vakuutettu vakuutussuunnitelman mukaisesti ja hallitukselle on otettu vastuuvakuutus.

Sisäinen tarkastus
Senaatti-kiinteistöissä on hallituksen hyväksymä sisäisen tarkastuksen toimintaohje. Sisäisestä tarkastuksesta vastaa sisäisen tarkastuksen yksikkö, joka toimii suoraan toimitusjohtajan alaisuudessa. Yksikön vahvuus on yksi henkilö, tarkastuspäällikkö, joka vastaa tarkastussuunnitelmien laadinnasta ja hyväksymisestä sekä johtaa ja koordinoi tarkastusta ja tarkastusprojekteja. Tarkastustehtävien suorituksessa käytetään pääosin ulkopuolisen kumppanin palveluja. Sisäisessä tarkastuksessa sovelletaan sisäisen tarkastuksen ja tietojärjestelmien tarkastuksen kansainvälisiä ja kotimaisia ammattistandardeja.